1545年，为了应对可能发生的军事冲突，查理五世命人绘制了详细的“作战地图”，根据当时的描述，地图中“包括城镇的位置和相互之间的距离信息，以及河流与山脉的分布区域”。尽管早已无迹可寻，这些地图却在历史上首次全面记录了德意志的地貌信息。在进行军事准备的同时，查理五世也加强了政治攻势。他刻意淡化冲突的宗教背景，而是以新教势力非法侵占帝国领地为借口向他们发起攻击。查理五世的这一战略成功造成了敌军内部的分化瓦解，并为1547年在米尔贝格战役（Battle of Mu?hlberg）中大败新教主力部队埋下了伏笔。
即便作为战胜方，查理五世也并未表现出咄咄逼人的气势。他没有选择强行推广天主教，而是颁布了一份过渡时期宗教协议，试图通过放松对新教的宗教管制换取他们对教皇权威的认可，从而实现天主教徒与新教徒间的和平共处。实质上，查理五世准备在神圣罗马帝国内部建立两套截然不同的信仰体系，而他们在名义上依然接受罗马教皇的领导。然而双方都不愿做出让步，而且均对携胜利之势居中调停的查理五世心存顾虑。不出所料，过渡协议只有在被查理五世军队占领的领地上才能得以执行。1552年，一支新教联军打着“自治与自由”的旗号，在天主教法兰西国王的暗中怂恿下击败了查理五世的军队，面对出尔反尔的对手，被天主教盟友无情抛弃的查理五世为了自保，不得不躺在御轿上仓皇逃往遥远的卡林西亚。