至四年底，卒有伪造民意帝制自为之举。于是护国军起于云南。贵州、两广、浙江、四川、湖南，先后响应。山东、陕西境内，亦有反对帝制的军队。袁氏派兵攻击，因人心不顺，无效，而外交方面又不顺利，乃于五年三月间下令将帝制取消，商请南方停战。南方要求袁氏退位，奉副总统黎元洪为大总统。事势陷于僵持。未久，袁氏逝世，黎氏代行职权，恢复《临时约法》和国会，问题乃得自然解决。然为大局之梗者，实并非袁氏一人。袁氏虽非忠贞，然当其未至溃败决裂时，北洋系军人，究尚有一个首领。到袁氏身败名裂之后，野心军人就更想乘机弄权。当南方要求袁氏退位而袁氏不肯时，江苏将军就主张联合未独立各省，公议办法。通电说：“四省若违众论，固当视同公敌；政府若有异议，亦当一致争持”，这已经不成话了。后来他们又组织了一个各省区联合会，更形成了一种非法的势力。
六年二月，因德国宣布无限制潜艇战争，我国与德绝交。国务总理段祺瑞进而谋对德参战。议案被国会搁置。各省、区督军、都统遂分呈总统和国务总理，借口反对宪法草案，要求解散国会。黎总统旋免段祺瑞之职。安徽遂首先宣告和中央脱离关系。直隶、山东、山西、河南、陕西、奉天、黑龙江、浙江、福建等省继之。在天津设立军务总参谋处。通电说：“出兵各省，意在另订根本大法，设立临时政府和临时议会”，这更显然是谋叛了。黎总统无可如何，召安徽督军张勋进京共商国是。张勋至天津，迫胁黎总统解散国会而后入。七月一日，竟挟废帝溥仪在京复辟。黎总统走使馆，令副总统冯国璋代行职权，以段祺瑞为国务总理。祺瑞誓师马厂，十二日，克复京城。张勋所扶翼的清朝亡。